双层全自动杀菌锅的杀菌工作步骤共有9步，分别为下锅注水、下锅升温、下锅保温、热水回收、冷却注水、冷却循环、冷却排水、锅内排气、工作结束。以下做仔细说明。
热水罐工作步骤：
1.热水罐上水：手动打开“上水阀”，在操作面板的“手动画面”上点击“给水泵”及“上锅排气阀”，目视上锅玻璃液位计，当达到合适水位时，关闭各阀门。
2.热水罐升温：按动“上锅运行”按钮键，系统自动控制上罐水温及压力，当上罐的水温达到“参数设定”的数值后，系统自行停止及报警。
杀菌釜工作步骤：
1.下锅注水：产品装入下锅内，锅门锁紧并提示报警后，按“杀菌键”（绿色）按钮，系统自行检测上热水罐的压力是否达到上罐的设定压力，若未达到开启“上罐补气阀”，升至上罐设定压力关闭，开启“热水回收阀”及“循环出水阀”，将上罐的热水压进下锅内，当上罐的水位达到低水位或下锅的水位达到高液位时，此步结束转下一工作步。
2.下锅升温：联通阀、循环进水阀、循环出水阀、管道离心循环泵、蒸汽阀开启，锅内压力自动保持设定压力，当达到设定的杀菌温度后，进入保温步（杀菌步）。
3.循环保温；达到设定杀菌温度后，开始杀菌，期间温度、压力自控，当达到设定的时间后，进行热水回收步。
4.热水回收步：联通阀、热水回收阀、循环出水阀、循环泵开启，锅内压力自动控制，当下锅水位达到低水位或上罐达到高水位时，此步结束转下一工作步。
5.冷却注水：冷却给水泵、联通阀、给水旁路阀首先开启，当锅内温度降至设定的给水主阀开启温度时，给水主阀打开，注水速度加快，期间压力自控，当水位达到下锅的高水位时，此步结束转下一工作步。
6.循环冷却：管道离心循环泵运转，循环出水阀循环进水阀开启，期间压力自控，系统自行开始冷却时间，当达到设定的冷却时间后，此步结束转下一工作步。（若在操作面板的“系统画面”中设定工作在冷却过程中上罐自动加热后，若上罐温度低于设定的温度，上罐自动加热升温）
7.锅内排水：排水阀、循环泵打开，将已冷却的循环水用泵排出，直至达到设定的低水位。排水步停止，进入排气步。
8.排气：排气阀打开排出锅内余气，直至锅内压力为零。
9.工作结束：系统复位，并发出声光报警，提示操作人员产品杀菌结束。